Caronte nasce dall'esigenza della Regione Siciliana di dotarsi di un proprio sistema di monitoraggio, al fine di gestire in modo unitario le risorse finanziarie da utilizzare sul proprio territorio e permettere una visione integrata dell’andamento della politica regionale.

Nel corso della programmazione 2000/2006, l'Amministrazione si era avvalsa dapprima del sistema Monit 2000 e successivamente del sistema Monit Web, messi a disposizione dal MEF-IGRUE. 

Nel 2009, conformemente alle prescrizioni comunitarie (Reg. CE n. 1083/2006), la Regione Siciliana ha adottato il Sistema Integrato di monitoraggio per gli investimenti pubblici "Caronte", all'interno del quale vengono gestite tutte le informazioni relative ai progetti che interessano l'ambito territoriale.